Elfen Lied conta a história de humanos evoluídos, que só nasceram para matar pessoas, os Diclonius. Eles têm chifres e poderes especiais, e nenhum amor pelas pessoas. Nascem de pais normais, e os matam quando ainda são crianças. Quando um deles é identificado, são presos e mantidos em segredo, enquanto são feitos testes com eles.